Την τρέχουσα περίοδο (2013-2018) το HPDST εκπόνησε τρία χρηματοδοτούμενα Έργα:

• το «Dacalbo» (Ψηφιακό αρχείο για την αλχημεία στο Βυζάντιο και τις ελληνόφωνες κοινότητες της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας) το οποίο αφορά στην ιστορία της ελληνικής αλχημείας (χειρόγραφα, πηγές, μεταδεδομένα, βάση δεδομένων συνταγών, σχέσεις αλχημείας-κοινωνίας, εκπαιδευτικές εφαρμογές της ιστορίας της αλχημείας). Το έργο χρηματοδοτήθηκε από το Πρόγραμμα Θαλής-ΕΣΠΑ 2007-2013 και εκπονήθηκε από το 2012 έως το 2015.
• το «NARSES Φύση και θρησκεία στη Νοτιοανατολική Μεσόγειο», το οποίο αφορά στη μελέτη των σχέσεων επιστήμης και ορθόδοξου χριστιανισμού από την ύστερη αρχαιότητα έως σήμερα. Το έργο χρηματοδοτήθηκε από το Πρόγραμμα Αριστεία-ΕΣΠΑ 2007-2013 και εκπονήθηκε από το 2012 έως το 2015.
• Το «SOW http://project-sow.org/  - Science and Orthodoxy around the World»  το οποίο αφορά στη μελέτη των σχέσεων επιστημών και ορθόδοξου χριστιανισμού σε όλο τον κόσμο, με συνεργάτες από 11 χώρες (Ρωσία, Βουλγαρία, Ρουμανία, Σερβία, Γεωργία, ΗΠΑ, Καναδά, Αυστραλία, Γαλλία, Γερμανία και Ελλάδα). Το έργο χρηματοδοτείται από το Templeton World Charity Foundation και εκπονήθηκε από 1 Φεβρουαρίου 2016 έως 31 Ιανουαρίου 2019.

Η ομάδα του Προγράμματος έχει ολοκληρώσει 14 ερευνητικά έργα με Έλληνες και Ευρωπαίους εταίρους, έχει οργανώσει τις συλλογές ενός Μουσείου Επιστημών, καθώς και μια εξέχουσα επιστημονική έκθεση για τον Μηχανισμό των Αντικυθήρων, η οποία έχει παρουσιαστεί σε οκτώ χώρες του εξωτερικού (Ευρωπαϊκές χώρες και Κίνα).

Το Πρόγραμμα έχει διοργανώσει πάνω από 60 συμπόσια, συνέδρια και ημερίδες καθώς και ένα τακτικό θερινό σεμινάριο:
Πληροφορίες για τις εκδηλώσεις αυτές στην ιστοσελίδα του προγράμματος http://hpdst.gr/events, στον ιστότοπο του έργου Dacalbo http://dacalbo.hpdst.gr/ στην ιστοσελίδα events, στον ιστότοπο του έργου Narses http://narses.hpdst.gr στην ιστοσελίδα events και στον ιστότοπο του έργου SOW http://project-sow.org στις ιστοσελίδες Conferences και Lectures and events.

Το πρόγραμμα έχει οικοδομήσει ένα σημαντικό διεθνές δίκτυο συνάπτοντας διμερείς συμφωνίες συνεργασίας με οκτώ ιδρύματα ευρωπαϊκών χωρών και τρία της Κίνας, συμμετέχοντας σε ερευνητικά κοινά έργα με άλλα ερευνητικά ιδρύματα του εξωτερικού και συντονίζοντας το δίκτυο για την ιστορία των επιστημών στη νοτιοανατολική Ευρώπη.

Το πρόγραμμα έχει δημιουργήσει έναν κεντρικό ιστότοπο www.hpdst.gr από τον οποίο ο χρήστης μπορεί να μπει σε όλους τους ιστότοπους των έργων του προγράμματος, ένα ψηφιακό μουσείο επιστημονικών οργάνων  http://www.hasi.gr και τρεις ανοικτές βάσεις δεδομένων: μία για την ελληνική αλχημεία http://dacalbo.hpdst.gr/archive/search, μία για τις ελληνικές πηγές που αφορούν στις σχέσεις επιστημών και θρησκείας από τον 4ο αιώνα έως τον 20ο http://narses.hpdst.gr/resources/content και μία για τις πηγές σε 10 γλώσσες που αφορούν τις σχέσεις επιστημών και ορθόδοξου χριστιανισμού http://k2.altsol.gr/archive/search Τα μεταδεδομένα των βάσεων αυτών είναι στα αγγλικά.

O διευθυντής του προγράμματος διετέλεσε πρόεδρος της International Union of the History and Philosophy of Science and Technology / Division of History of Science and Technology (2013-2017), είναι
ισόβιος γραμματέας της International Academy of History of Science (2017-) και απέσπασε ένα βραβείο Chaire Blaise Pascal το 2013.

Η ομάδα εκδίδει το διεθνές περιοδικό «Almagest» στον εκδοτικό οίκο Brepols την σειρά ‘Science and Orthodox Christianity’ στον ίδιο εκδοτικό οίκο (το πρώτο βιβλίο θα κυκλοφορήσει το 2019).
Το ενημερωτικό δελτίο για την Νοτιοανατολική Ευρώπη, «Newsletter for the History of Science in Southeastern Europe»
Τέλος έχει εκδώσει περισσότερα από 40 βιβλία στα ελληνικά, αγγλικά, γαλλικά και κινέζικα, έχει συνεπιμεληθεί τέσσερα ειδικά τεύχη διεθνών περιοδικών και έχει δημοσιεύσει περίπου 300 άρθρα ορισμένα εκ των οποίων παρουσιάζονται στην ιστοσελίδα άρθρα και στις ιστοσελίδες των δημοσιεύσεων των έργων του προγράμματος.