Η βιβλιοθήκη ιδρύθηκε το 1960 και το 1994 επονομάσθηκε «Βιβλιοθήκη Δ.Α. Ζακυθηνού» στη μνήμη του πρώτου διευθυντή του τότε Κέντρου Βυζαντινών Ερευνών και συνιδρυτή του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών. Είναι ειδική βιβλιοθήκη με θεματολογία σύμφωνη με τις ερευνητικές κατευθύνσεις των Τομέων Βυζαντινών και Νεοελληνικών Ερευνών και αριθμεί περίπου 40.000 τίτλους βιβλίων, φυλλαδίων, περιοδικών, χαρτών και οπτικοακουστικού υλικού. Η συλλογή των περιοδικών ανέρχεται σε 1100 τίτλους. Σημαντική είναι η συλλογή των ελληνικών εντύπων -βιβλίων και φυλλαδίων - καθώς και η φιλμοθήκη σπανίων και δυσεύρετων εκδόσεων που καλύπτουν ένα ευρύτατο φάσμα της ελληνικής βιβλιογραφίας από τον 16° ως τον 19° αιώνα. Από τα πρώτα χρόνια λειτουργίας της, η βιβλιοθήκη εμπλουτίσθηκε από δωρεές προερχόμενες από πνευματικά ιδρύματα, συγγραφείς, λογίους και βιβλιόφιλους. Ειδική μνεία πρέπει να γίνει στις δωρεές: Βιβλιοθήκη Ιω. Σαρεγιάννη (1962, 4866 τίτλοι - κλειστή συλλογή), Βιβλιοθήκη Αλεξ. Μπενάκη (1979, 1494 τίτλοι ενσωματωμένοι στην κεντρική συλλογή), Βιβλιοθήκη Μιχ. Στεφανίδη (1995, 100 τίτλοι - κλειστή συλλογή).
Η αναζήτηση στον ηλεκτρονικό κατάλογο της βιβλιοθήκης πραγματοποιείται στη διεύθυνση http://argo.ekt.gr, στη βάση ''Ειδικές Βιβλιοθήκες στην Ελλάδα'' (ΙΒΕ-ΙΝΕ/ΕΙΕ), του Εθνικού Κέντρου Τεκμηρίωσης. Στην ίδια διεύθυνση είναι διαθέσιμη και η συλλογή των περιοδικών της βιβλιοθήκης στη βάση του Συλλογικού Καταλόγου Περιοδικών ΕΚΤ. Επίσης η βιβλιοθήκη συμμετέχει στο Εθνικό Δίκτυο Επιστημονικών και Τεχνολογικών Βιβλιοθηκών με πρωταρχική δραστηριότητα την σε απευθείας σύνδεση παραγγελία φωτοαντιγράφων (online document ordering).
