Η πλήρης εκμετάλλευση των υλικών απαιτεί σχεδιασμό, σύνθεση και ενδελεχή κατανόηση της δομής τους και των τρόπων με τους οποίους σχετίζεται με τις θεμελιώδεις ιδιότητές τους. Κεντρική θέση στις ερευνητικές δραστηριότητες του ΙΘΦΧ είναι η κατανόηση της δομής και των ιδιοτήτων της ύλης και των αλληλεπιδράσεων φωτός-ύλης που θα διευκόλυνε την εκμετάλλευση νανοδομημένων υλικών με προηγμένη λειτουργικότητα για εφαρμογές που σχετίζονται με την ενέργεια, την οπτική και ηλεκτροχημική ανίχνευση, τη νανοϊατρική, την ηλεκτροοπτική και τη φωτονική. Για το σκοπό αυτό, το ΙΘΦΧ πραγματοποιεί έρευνα και έχει αποκτήσει ισχυρή τεχνογνωσία στις ακόλουθες ερευνητικές κατευθύνσεις:
Δόμηση και τροποποίηση υλικών και διατάξεων με λέϊζερ.
Φαινόμενα εξαρτώμενα από το μέγεθος και την πολυπλοκότητα στη νανοκλίμακα.
Εφαρμογές στη βιοφωτονική, βιοφυσική και στην επιστήμη του διαστήματος.
Διατάξεις και αισθητήρες οπτικών ινών.
Εφαρμοσμένη φωτονική σε βιομηχανικές, βιοϊατρικές και κβαντικές εφαμοργές.
Το Ινστιτούτο λειτουργεί επίσης ένα εργαστήριο υπηρεσιών, το Εργαστήριο Φασματοσκοπικών Εφαρμογών (ΕΦΕ, ίδρ. 1979), το οποίο λειτουργεί ως δυναμική διασύνδεση μεταξύ του ΙΘΦΧ και ενός ευρέος φάσματος βιομηχανικών αναγκών Ε&Α, ενώ παράλληλα μεταφράζει την εσωτερική τεχνογνωσία σε υλικά και φασματοσκοπία προς όφελος της ελληνικής βιομηχανίας.