Οι ερευνητικές δραστηριότητες του Ινστιτούτου είναι οργανωμένες σε τρεις θεματικούς τομείς (βλ. αναλυτικά στη διεύθυνση http://www.eie.gr/nhrf/institutes/inr/structure-gr.html):
Α' ΤΟΜΕΑΣ: Ιστορία του Πολιτισμού: Παιδεία-Θεσμοί-Τέχνη (Νεοελληνική Γραμματολογία και Ιστορία των Ιδεών, Ιστοριογραφία, Ιστορία των Επιστημών, Γεωγραφική Παιδεία και Ιστορία της Χαρτογραφίας, Θρησκευτική Τέχνη, Θεσμοί και Ιδεολογία στη Νεοελληνική Κοινωνία)
Β' ΤΟΜΕΑΣ: Οικονομική και Κοινωνική Ιστορία (Ιστορία των Επιχειρήσεων και Βιομηχανική Αρχαιολογία, Ιστορία των Οικισμών, Οθωμανικές Σπουδές, Περιηγητικά Δίκτυα, Διπλωματικά και Προξενικά Δίκτυα)
Γ' ΤΟΜΈΑΣ: Σύγχρονη Πολιτική Ιστορία (Τεκμηρίωση της Πολιτικής και Κοινωνικής Ιστορίας 20ού αι., Ιστορία των Πολιτικών Ιδεών, Ελληνικός Τύπος, Ιστορικό Αρχείο Ελληνικής Νεολαίας της Γ.Γ.Ν.Γ.)
Διεθνείς Επιστημονικές Εκδηλώσεις του ΙΝΕ/ΕΙΕ, 2006-2010
I. Διεθνές Συμπόσιο: "The Making of Modern Greece: Nationalism, Romanticism, & the Uses of the Past, 1797-1896" (σε συνεργασία με το King's College, Λονδίνο, Σεπτέμβριος 2006)
II. Ελληνοβρετανικό Επιστημονικό Συμπόσιο: "Scholars, Travels, Archives, The contribution of the British School at Athens to Byzantine and Modern Greek Studies" (σε συνεργασία με το British School at Athens, Οκτώβριος 2006)
III. Ελληνοϊταλική Επιστημονική Συνάντηση: "Incontro di studio di Storia dell'Arte: "Pittura Bizantina e pittura italiana. Vie ed incontri; dalle Crociate alla caduta di Candia, 1096-1669" (σε συνεργασία με το ΙΒΕ/ΕΙΕ, Νοέμβριος 2006)
IV. Εκδηλώσεις μνήμης: 21 Απριλίου 1967 - Σαράντα χρόνια μετά (έκθεση τεκμηρίων, προβολή ντοκιμαντέρ και επιστημονικές συναντήσεις, σε συνεργασία με τα Αρχεία Σύγχρονης Κοινωνικής Ιστορίας, Αθήνα, Απρίλιος 2007)
V. Διεθνές Συμπόσιο: 1st International Conference of Karamanlidika Studies (σε συνεργασία με το Πανεπιστήμιο Κύπρου, Λευκωσία, Σεπτέμβριος 2008)
VI. 6ο Διεθνές Συνέδριο Ιστορίας: "The Enlightenment and Religion: The Orthodox World" (Αθήνα, Δεκέμβριος 2009)
VII. Διεθνές Συμπόσιο Ιστορίας Επιχειρήσεων: "Why does Business History matter?" (Αθήνα, Απρίλιος 2010)
VIII. Ελληνοτουρκικό Εργαστήριο: "Between Religion and Language" (σε συνεργασία με το Τεχνικό Πανεπιστήμιο του Yildiz, Ιούνιος 2010)
IX. Συνέδριο: "Greeks in the International Trade of the South of the Russian Empire, XVIII-XIX Centuries" (σε συνεργασία με την Ουκρανική Ακαδημία Επιστημών και το Ιόνιο Πανεπιστήμιο, Κίεβο, Οκτώβριος 2010)
Χ. Τρίτο Ελληνο-Βαλκανικό Συμπόσιο "Ελληνοσερβικές σχέσεις, 18ος-19ος αι." (σε συνεργασία με τη Σερβική Ακαδημία Επιστημών και Τεχνών / Ινστιτούτο Βαλκανικών Σπουδών, Αθήνα Οκτώβριος 2010)
(λεπτομερή προγράμματα στη διεύθυνση http://www.eie.gr/nhrf/institutes/inr/news-archive-gr.html και απολογισμοί στη διεύθυνση http://www.ine-newsletter.org/index.php/ed)
Εκδόσεις του ΙΝΕ/ΕΙΕ
118 τίτλοι αυτοτελών δημοσιευμάτων
33 τόμοι της σειράς Τετράδια Εργασίας
47 τίτλοι του Ιστορικού Αρχείου Ελληνικής Νεολαίας
33 πρακτικά συνεδρίων και επετειακά δημοσιεύματα
35 τεύχη του Ενημερωτικού Δελτίου καθώς και
14 τίτλοι της Ετήσιας διάλεξης Κ. Θ. Δημαρά
Ιδιαίτερα σημαντικό επίτευγμα του ΙΝΕ υπήρξε η έκδοση του αποκλειστικά ξενόγλωσσου περιοδικού ιστορικών σπουδών The Historical Review / La Revue Historique, το οποίο εγκαινιάστηκε το 2004, εξέδωσε ήδη επτά τόμους, αποδελτιώνεται σε διεθνείς βάσεις και ευρετήρια (Historical Abstracts, Arts and Humanities Citation Index) και είναι ήδη προσβάσιμο και σε ψηφιακή μορφή.
Οι εκδόσεις που φέρουν τη σφραγίδα του Ινστιτούτου Νεοελληνικών Ερευνών είναι γενικά καθιερωμένες ως έγκυρα εργαλεία έρευνας της νεοελληνικής παιδείας και κοινωνίας και χρησιμοποιούνται ευρύτατα από τους μελετητές (βλ. πλήρη κατάλογο στη διεύθυνση http://www.eie.gr/editions/editions-ine-gr.html).
Οικονομικοί πόροι
Ο κρατικός προϋπολογισμός καλύπτει αποκλειστικά τη μισθοδοσία του τακτικού προσωπικού του ΙΝΕ/ΕΙΕ. Πέραν αυτής, κάθε άλλη δραστηριότητα του Ινστιτούτου (λειτουργικά έξοδα, εκδόσεις, οργανώσεις συνεδρίων και σεμιναρίων, επιστημονικές αποστολές, αμοιβές εξωτερικών συνεργατών, κ.ο.κ.) στηρίζεται αποκλειστικά σε εξωτερικές χρηματοδοτήσεις (Ευρωπαϊκά ανταγωνιστικά και διαρθρωτικά προγράμματα, συμβάσεις με ιδιωτικούς και τοπικούς φορείς, έσοδα από πωλήσεις βιβλίων, χορηγίες κ.τ.λ).