Το Ινστιτούτο Ιστορικών Ερευνών (ΙΙΕ/ΕΙΕ) έχει ως αντικείμενο την έρευνα της πολιτικής, οικονομικής, κοινωνικής, και πολιτιστικής ιστορίας του ελληνικού χώρου και των περιοχών που έδρασε ο Ελληνισμός, από την προϊστορική αρχαιότητα μέχρι και τη σύγχρονη εποχή.
Το Ινστιτούτο προέκυψε το 2012 ως μετεξέλιξη των τριών ανθρωπιστικών ινστιτούτων του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών (ΚΕΡΑ, ΙΒΕ και ΙΝΕ), των παλαιότερων ελληνικών ερευνητικών θεσμών για τις ιστορικές και φιλολογικές επιστήμες. Αναπτύσσει ερευνητικές δραστηριότητες που αποσκοπούν στη συγκρότηση και την διάχυση νέας γνώσης, καθώς και την κατάρτιση νέων ερευνητών, συμβάλλοντας καθοριστικά στην εθνική αυτογνωσία και στη διεθνή επιστημονική συνεργασία στα πεδία που υπηρετεί.
Οι ερευνητικές δράσεις του Ινστιτούτου είναι οργανωμένες σε τρείς τομείς:
Τα ερευνητικά Προγράμματα και Έργα του Ινστιτούτου αποσκοπούν στη τεκμηρίωση και την μελέτη της αρχαίας, μεσαιωνικής και νεώτερης ιστορίας του ελληνικού χώρου και στην συνέργεια των τριών τομέων, με στόχο συνθετικές διαχρονικές προσεγγίσεις. Τα προγράμματα και έργα του Ινστιτούτου έχουν ως αντικείμενο:
την μελέτη της Ελληνικής και Ρωμαϊκής Αρχαιότητας, με στόχο την ανανέωση των αρχαιογνωστικών σπουδών μέσα από τη συστηματική συλλογή, επεξεργασία και μηχανοργάνωση τεκμηρίων φιλολογικών πηγών, επιγραφών, νομισμάτων και άλλων αρχαιολογικών ευρημάτων και τη συστηματική διερεύνηση τομέων όπως η αρχαία ιδεολογία και τέχνη, η τεχνολογία και μέτρηση, η οικονομία και η κοινωνική κινητικότητα.
την μελέτη της Ιστορίας και του Πολιτισμού του Βυζαντίου και των σχέσεών του με τη μεσαιωνική Ευρώπη, τα Βαλκάνια και τον χώρο της Ανατολικής Μεσογείου, μέσα από τις μαρτυρίες των γραπτών πηγών, φιλολογικών και αρχειακών, των έργων τέχνης και των αρχαιολογικών ευρημάτων.
την μελέτη της Ιστορίας του Νέου Ελληνισμού από τον 15ο ως τον 20ό αιώνα, με βάση την κριτική προσέγγιση των πρωτογενών πηγών. Έμφαση δίνεται στην μελέτη του πολιτισμού, των θεσμών και της ιδεολογίας, της γραμματολογίας, της τέχνης και των επιστημών (θετικών και ανθρωπιστικών), στις οθωμανικές σπουδές, στην ιστορία των πληθυσμών, στην ιστορική γεωγραφία, στην οικονομική ιστορία και την ιστορία των επιχειρήσεων καθώς και την σύγχρονη πολιτική ιστορία.
