Ο Βασίλης Παναγιωτόπουλος γεννήθηκε το 1932 στη Μεσσήνη όπου και περάτωσε τις γυμνασιακές του σπουδές. Φοίτησε στη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών -Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας και μετά τη λήξη της στρατιωτικής του θητείας εργάστηκε ως βοηθός έρευνας στο Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών / Κέντρο Νεοελληνικών Ερευνών (Αθήνα, 1960-1965). Έκτοτε, και έως το 1985, εγκαταστάθηκε στη Γαλλία. Εκεί, μετά τα χρόνια νέων σπουδών, εργάστηκε ως ερευνητής στην Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales, στον κλάδο της Ιστορικής Δημογραφίας (1967-1985) και ως πανεπιστημιακός στο Πανεπιστήμιο Paris IV, στο Τμήμα Μεταπτυχιακών Σπουδών όπου δίδαξε το μάθημα της Βαλκανικής και Νέας Ελληνικής Ιστορίας (1976-1985).
Το 1985 εκλέχθηκε Διευθυντής Ερευνών στο Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών και εγκαταστάθηκε στην Ελλάδα. Από το 1994 έως το 1999 διηύθυνε το Ινστιτούτο Νεοελληνικών Ερευνών του εν λόγω Ιδρύματος. Έχει δημοσιεύσει μελέτες και άρθρα για πολλές όψεις της Οικονομικής και Κοινωνικής Ιστορίας του Νέου Ελληνισμού καθώς και της Ιστορίας του Αγώνα του '21. Το 1985 εκδόθηκε στα ελληνικά η μελέτη του Πληθυσμός και οικισμοί της Πελοποννήσου (13ος-18ος αιώνας), ενώ το 2009 ολοκληρώθηκε η έκδοση του τετράτομου έργου Αρχείο Αλή πασά της συλλογής Ιωάννη Χώτζη της Γενναδείου Βιβλιοθήκης.